全國服務熱線MBR膜的清洗有物理清洗、化學清洗、超聲波清洗與電清洗等。物理清洗是用機械力從膜面上或膜孔內去除污染物。包括多種方法，如正方向沖洗、變方向清洗、透過液反壓沖洗、振動、排氣沖水法、空氣噴射、自動海綿球清洗、水力方法、氣-液脈沖與循環洗滌等。當膜面附著的污泥層對膜過濾造成很大影響時，空曝氣的效果也比較顯著。對于孔堵塞和形成凝膠層的膜采用化學清洗是最有效的方法。經過多年實踐的證明，酸或堿的化學清洗可以減弱顆粒或濾餅在膜面或膜孔內的黏附，增加濾餅的滲透性，但不能有效地去除膜上的顆粒或濾餅。由于化學清洗會使反應器內生物失活，造成二次污染，在實際工程的運用中非常不便，因此最好能夠避免化學清洗。
超聲波清洗是通過超聲波脈沖產生的高能量破壞膜表面和吸附物質的鏈接，松散膜面上的顆粒，從而去除膜表面的沉積層。研究了超聲波在膜污染監測和清洗上的應用，運用時域反射計通過反射波的波幅高低來反映膜污染的類型和大小。
通過比較確定，采用反沖洗+超聲波的方法清洗效果最好，基本上可以將膜污染完全清除。研究表明，清潔水反沖、超聲波和化學清洗相結合可以有效地恢復膜通量。一些研究者在膜上施加電場，用電清洗來控制股污染，通過在一定時間間隔內在膜上施加電場，使帶電粒子或分子沿電場方向移動，在間斷操作的情況下，從界面上除去粒子或分子。
